"…woda nie jest produktem handlowym takim jak każdy inny, ale raczej dziedziczonym dobrem, które musi być chronione, bronione…"
(Ramowa Dyrektywa Wodna)

Elektrociepłownia Zgierz pobiera wodę z własnego ujęcia – studni dolnokredowej oraz od innych podmiotów gospodarczych. Woda wykorzystywana jest głównie do celów kotłowych, chłodniczych i ciepłowniczych. Spółka stara się prowadzić efektywną gospodarkę wodą. Aby ograniczyć pobór wody stosuje się zamknięty układ chłodzenia z wykorzystaniem chłodni wentylatorowych. Hydrotransport odpadów paleniskowych, wykorzystywany jedynie podczas pracy rezerwowego kotła pyłowego, również jest układem zamkniętym. Pobór wody z własnej studni, odbywa się zgodnie z warunkami określonymi w pozwoleniu zintegrowanym i podlega bieżącej ewidencji w zakresie ilości pobieranej wody, regularnie prowadzonych pomiarów statycznego i dynamicznego lustra wody oraz wyników badań jej jakości. W zakresie gospodarki ściekowej Elektrociepłownia Zgierz współpracuje na mocy umowy cywilno-prawnej ze spółką komunalną „Wodociągi i Kanalizacja – Zgierz” Sp. z o.o., która prowadzi m.in. miejską oczyszczalnią ścieków.